Juayúa es un pueblo precolombino pipil. Para el año 1550 se estimó su población en unos 300 habitantes, y para 1577 fue pueblo de catequización de los franciscanos radicados de Sonsonate. Hacia finales del siglo XVI, los religiosos plantaron una imagen similar al Cristo Negro de Esquipulas, y fue allí donde erigieron la primera ermita de lo que sería la Iglesia de Santa Lucía.
Pedro Cortés y Larraz, en el año 1770, expuso que Juayúa pertenecía a la parroquia de Apaneca, y tenía una población de 526 personas. El poblado fue parte de la Alcaldía Mayor de Sonsonate durante la época de colonización española, y, con la proclamación de la Independencia Centroamericana en 1821, sus pobladores se pronunciaron a favor de la incorporación al Estado de El Salvador en noviembre de 1823. El departamento de Sonsonate fue establecido el 12 de junio de 1824, con Juayúa como parte del territorio.
Entre los años 1838 o 1839, algunas familias del poblado empezaron a cultivar café. En un informe del año 1859, existe una descripción de sus habitantes y la agricultura de ese tiempo:
Todo el pueblo es agricultor. La parte indígena viste lo mismo que su raza en la América Española. Una tela azul o nácar refajada y detenida con un nudo hecho con la misma tela (refajo) y una tira de manta o cambrai de color de tres varas para taparse. Aunque este es uno de los pueblos indígenas más civilizados, hablan todavía el idioma de sus padres, y participan de muchas preocupaciones de su raza ... Este pueblo se engrandecerá con sus producciones, principalmente con la del café, porque es el de mejor clase que hay en el Estado y sus terrenos no ceden a los mejores. Produce café, trigo, anís y linaza con muy poca mostaza.
